Το πιο σημαντικό όργανο της Δημοτικής κίνησης «ΚΟΝΤΡΑ ΣΤΟΝ ΚΑΙΡΟ» είναι η γενική συνέλευση των μελών και φίλων της, η οποία πραγματοποιείται δύο φορές το χρόνο, καθορίζει τη στάση της κίνησης στα σημαντικότερα θέματα και χαράζει τους βασικούς άξονες της πολιτικής της. Τα μέλη της κίνησης εκλέγουν συντονιστική επιτροπή η οποία έχει την ευθύνη της υλοποίησης των αποφάσεων της γενικής συνέλευσης.
Η συντονιστική επιτροπή εκλέγει τη γραμματεία της κίνησης η οποία έχει την ευθύνη για τη καθημερινή παρουσία της στην πόλη, ορίζει τους υπεύθυνους για τους τομείς δουλειάς και οργανώνει τα τμήματα εργασίας της κίνησης. Οι αποφάσεις στη συντονιστική επιτροπή λαμβάνονται ομόφωνα και όποτε αυτό είναι αδύνατο, με ενισχυμένη πλειοψηφία.
Βασική αρχή λειτουργίας της κίνησης είναι η σύνθεση των απόψεων και η επιδίωξη της ευρύτερης δυνατής συμμετοχής στη δράση και την υλοποίηση των αποφάσεων της, από τα μέλη τους φίλους της και πολίτες με κοινά οράματα και στόχους.